Profile URL: https://hdl.handle.net/20.500.12514/6924
Job Title:Doktor Öğretim Üyesi
Main Affiliation:08.01. Bilgisayar Mühendisliği Bölümü
ORCID:
0000-0002-8184-9377
0000-0002-8184-9377YÖK Akademik: B0FA01C278BD726C
13 results
Scholarly Output Search Results
Now showing 1 - 10 of 13
Publication Code and Workflow for OSA Severity Prediction(2026) Kabak, M.; Çil, Barış; Irmak, HalitThis repository contains the complete, reproducible machine learning workflow for the above-titled manuscript. The workflow includes data preprocessing (Min-Max normalization, SMOTE balancing, 75/25 stratified train-test split), model training (Random Forest, XGBoost, Neural Network, SVM, Logistic Regression), and statistical evaluation with bootstrapped 95% confidence intervals. Contents: 1_preprocessing.ows – Orange workflow for data preprocessing 2_model_training.ows – Orange workflow for model training and evaluation bootstrap_analysis.py – Python script for confidence interval calculation weka_smote_log.txt – WEKA SMOTE execution log README.md – Detailed reproduction instructionsArticle Citation - WoS: 9Citation - Scopus: 13The Protection Afforded by Kefir Against Cyclophosphamide Induced Testicular Toxicity in Rats by Oxidant Antioxidant and Histopathological Evaluations(Nature Portfolio, 2024-08-09) Yildiz, Songul Cetik; Demir, Cemil; Cengiz, Mustafa; Irmak, Halit; Cengiz, Betul Peker; Ayhanci, Adnan; Peker Cengiz, Betul; Cetik Yildiz, SongulCyclophosphamide (CTX) is the most commonly used effective alkylating drug in cancer treatment, but its use is restricted because its toxic side effect causes testicular toxicity. CTX disrupts the tissue redox and antioxidant balance and the resulting tissue damage causes oxidative stress. In our study based on this problem, kefir against CTX-induced oxidative stress and testicular toxicity were investigated. Rats were divided into 6 groups: control, 150 mg/kg CTX, 5 and 10 mg/kg kefir, 5 and 10 mg/kg kefir + 150 CTX. While the fermented kefirs were mixed and given to the rats for 12 days, CTX was given as a single dose on the 12th day of the experiment. Testis was scored according to spermatid density, giant cell formation, cells shed into tubules, maturation disorder, and atrophy. According to our biochemical findings, the high levels of total oxidant status (TOS), and the low levels of total antioxidant status (TAS) in the CTX group, which are oxidative stress markers, indicate the toxic effect of CTX, while the decrease in TOS levels and the increase in TAS levels in the kefir groups indicate the protective effect of kefir. In the CTX-administered group, tubules with impaired maturation and no spermatids were observed in the transverse section of the testicle, while in the kefir groups, the presence of near-normal tubule structures and tubule lumens despite CTX showed the protective effect of kefir. In our study, it was observed that kefir had a protective and curative effect on CTX-induced toxicity and oxidative stress and could be a strong protector.Article Probiyotik Kefirin Sıçanlarda Siklofosfamid Kaynaklı Nefrotoksisite ve Ürotoksisite Üzerine İmmünoterapötik ve Hücre Koruyucu Etkileri(2024-12-02) Yıldız, Songül Çetik; Demir, Cemil; Cengiz, Mustafa; Irmak, Halit; Cengiz, Betül Peker; Ayhanci, AdnanDoğal olarak oluşan fermente bir süt ürünü olan kefirin, sıçanlarda siklofosfamid (CP) ile indüklenen hemorajik sistit ve nefrotoksisiteye karşı antioksidan, anti-apoptotik ve anti-inflamatuar etkileri gibi farmakolojik ve terapötik niteliklerini değerlendirmek. Bu amaçla, deneysel sıçanlar 6 gruba ayrılmıştır; control (Grup 1), 150 mg/kg CP (Grup 2), 5 mg/kg kefir (Grup 3), l0 mg/kg kefir (Grup 4), 5 mg/kg kefir+150 CP (Grup 5), l0 mg/kg kefir+150 CP (Grup 6). Farklı günlerde fermente edilen kefirlerde farklılık olmadığı için 1., 2. ve 3. gün kefirleri karıştırılarak sıçanlara 12 gün boyunca verilmiş, CP ise deneyin 12. gününde tek doz ve i.p. olarak verilmiştir. Daha sonra elde edilen parametreler değerlendirilmiştir. Histolojik değerledirmeler sonucunda CP'nin böbrek ve mesane de toksisiteye neden olduğu belirlenmiştir. Öte yandan biyokimyasal değerlendirme ile CP uygulanan deney grubunda, doku toksisite belirteçleri olan serum kan üre nitrojen (BUN) ve kreatinin (Cre) seviyelerindeki önemli artış görülğrken hücre içi antioksidan sistem belirteçlerinden olan katalaz (CAT), glutatyon (GSH), superoksit dismutaz (SOD) ve glutatyon peroksidaz (GPx) düzeylerinde ise önemli azalma olduğu belirlenmiştir. Bununla birlikte, kefir (5 ve 10 mg/kg) tedavisi neticesinde meydana gelen tüm değerler tersine dönmüştür. Bu sonuçlar kefirin CP kaynaklı hemorajik sistit ve nefrotoksisiteye karşı etkili bir koruyucu olduğunu göstermiştir.Article Citation - WoS: 1Evaluation of Serum Levels of Kidney Injury Molecule-1 (KIM-1) and Neutrophil Gelatinase-Associated Lipocalin (NGAL) as Potential Biomarkers of Renal Tubular Damage in Brucellosis Patients(Dove Medical Press Ltd, 2025-09-01) Dundar, Ahmet; Irmak, Halit; Ayhanci, Tugba; Yildiz, Songul CetikBackground: Brucellosis is a zoonotic and multisystemic disease that is widespread worldwide and can present with many different clinical conditions, ranging from asymptomatic to serious and fatal conditions. Brucellosis may be linked to renal tubular and acute kidney damage, nephrotic syndrome, and various types of nephropathies. Objective: Our research was carried out prospectively to investigate the relationship between brucellosis and various biochemical markers and particularly to investigate the role of renal tubular damage biomarkers. Methods: Demographic and biochemical data from 60 controls and 60 brucellosis patients were included in the study. Kidney injury molecule-1 (KIM-1) and Neutrophil gelatinase-associated lipocalin (NGAL) were analyzed by. The diagnostic accuracy of KIM-1 and NGAL for brucellosis was assessed using receiver operating characteristic (ROC) curve analysis. Results: According to our findings, significant differences of KIM-1 and NGAL were observed between brucellosis and healthy patients. A high AUC (area under the curve) value of 0.742 (95% CI: 0.616-0.868) and 0.835 (95% CI: 0.729-0.941) was observed for KIM-1 and NGAL, respectively. Conclusion: Serum levels of KIM-1 and NGAL, which are renal tubular damage markers, where higher in Brucellosis than in healthy patients. These biomarkers can contribute to the rapid and accurate diagnosis of brucellosis regarding the involvement of nephropathies and to the standardization of comprehensive diagnostic warning indicators.Conference Object Blockchaın Teknolojisi ve Sanal Paraların Karşılaştırmalı İncelemesi(Farabi Yayınevi, 2019) Baz, Fatih Çağatay; Irmak, HalitSürekli gelişen teknoloji, yaşam alanlarına birçok yenilikler katmaktadır. Bu yenilikler hızla insanların gündelik alanlarında konuştukları ve kullandıkları kavramlar haline dönüşmektedir. Teknolojideki gelişmeler ticarette ve para kavramında değişime de sebep olmuştur. Elektronik para ve kripto para kavramları son zamanlarda gündemde yer tutmaktadır. Bu anlamda sanal para kavramı bitcoin ve bitcoin alternatifi para sistemlerinden meydana gelmektedir. Sanal para veya elektronik para, hatta kripto para olarak tanımlamalar ile karşımıza çıkan bu yeni sistem, elektronik ortamda oluşturulan ve nakit benzeri bir ödeme aracı olarak tanımlanan yeni bir sistemdir. Sanal para, madencilik olarak adlandırılan mining para basılma sürecini, paranın muhafaza edilmesi konusunu ilgilendiren elektronik cüzdan sürecini, finansal konuları ve tüm bu işleyişler ile ilgilenen şirketleri ve onların yapılarını da konu almaktadır. Kripto para kavramından; kullanım alanları, hukuki alanlar ve daha birçok farklı boyutları açısından değerlendirilmelerde bulunulması önem arz etmektedir. Sanal paralar ile anılan blok zinciri, bir başka adlandırma ile blockchain teknolojisi, kriptografi kullanan ve güvenli hale getirilmiş bir kayıt listesidir. Blok zinciri, bloklar adı verilen ve sürekli büyüyen bir kayıt listesi olduğu için bu ismi almıştır. Blok zinciri veya diğer bir kullanımı ile blokchain, bitcoin başta olmak üzere birçok sanal para kavramları bir hızla yaşamımıza girdiğinden, bu kavramların tanımlanmaları, birbirleri ile ilişkilendirilmeleri ve karşılaştırılmaları önem arz etmektedir. Bu araştırma ile bitcoin ve benzeri sanal paraların yapıları, kullanımları, işlevleri ile blockchain teknolojisine yer verilmiştir. Çalışmada blockchain teknolojisi, yapısı ve sanal paraların farklı değişkenler açısından karşılaştırmalı bir incelemesi yapılmıştır. Sanal paraların farklı başlıklarda sahip oldukları değişkenlerin karşılaştırılması aynı zamanda finansal açıdan önemlidir ve bu çalışma ile ortaya konulmaya çalışılmıştır. Araştırma bu konuda ileride yapılacak çalışmalar için bir öncül çalışma olarak alanyazında yer alabilecektir.Article Citation - WoS: 1Citation - Scopus: 1Predicting the Severity of Obstructive Sleep Apnea Using Artificial Intelligence Tools(Wolters Kluwer Medknow Publications, 2025) Cil, Baris; Irmak, Halit; Kabak, MehmetBACKGROUND:We developed an artificial intelligence (AI) model to predict the severity of obstructive sleep apnea syndrome (OSAS).METHODS:We used data from 750 inpatients at a research hospital between 2021 and 2023. The dataset comprises 20 attributes, including demographic information, medical history, anthropometric measurements, and polysomnography (PSG) data. The target attribute was the apnea-hypopnea Index (AHI), from which OSAS severity was determined. Data preprocessing included min-max scaling for normalization and the Synthetic Minority Over-sampling Technique algorithm to address the class imbalance, increasing the dataset size to 1250. We invented and further developed a multilayer artificial neural network (ANN) model to predict OSAS severity and evaluated its performance using k-fold cross-validation. We also performed an information gain analysis to rank the features by importance.RESULTS:The ANN model accurately predicted OSAS severity (area under the receiver operating characteristic curve: 0.966, CA: 0.880). Information gain analysis revealed strong associations between OSAS severity and the Epworth Sleepiness Scale, lowest nighttime oxygen saturation, percentage of sleep time with oxygen saturation between 80% and 90% during the night, and neck thickness. These identified features represent important risk factors for early OSAS diagnosis and treatment.CONCLUSION:Our findings suggest that AI-based models can effectively predict OSAS severity. This research may contribute to the development of next-generation diagnostic tools for OSAS diagnosis and risk assessment. AI can readily determine OSAS severity from overnight pulse oximetry recordings, combined with other risk factors, in patients with suspected OSAS.Conference Object Ünı̇versı̇tede Çalışan Akademı̇k ve İdarı̇ Personellerı̇n Bı̇lgı̇sayar Okuryazarlıklarına Yönelı̇k Bı̇r Çalışma(Gece Kitaplığı, 2018) Irmak, Halit; Tetik, ErkanBilişim teknolojilerinde yaşanan gelişmeler beraberinde kullanıcılara hem günlük yaşantılarında hem de iş hayatlarında büyük kolaylıklar getirmiştir. Aynı anda farklı ortamlarda bulunan bilgisayar kullanıcıları sınırlamalar olmaksızın birbirleriyle iletişim kurabilmekte, bilgi ve birikimlerini kolayca paylaşabilmektedir. Kullanıcıların bu ortamları kullanımları bilgisayar okuryazarlıkları ölçüsündedir. Bilgisayar okuryazarlığı, kullanıcıların bilgisayar ile ilgili temel bilgileri bilmesi, bilgisayar kullanımı ile ilgili bildiği bilgi ve deneyimleri günlük hayatında veyahut iş yerinde kullanabilme yeteneği olarak tanımlanabilir. Bilgisayar okuryazarlığı, bilgisayar kullanma yeteneği olarak da tanımlanabilir. Ancak daha geniş bir ifade ile bilgisayar okuryazarlığı, bilişim alanında temel kavramları bilmek, temel bazı programları kullanmak, karşılaşılan problemleri bilgisayarlar aracılığı ile çözmek, bilgisayar ile ilgili teknolojileri belirli bir düzeyde takip edebilmek gibi anlamlara gelmektedir. Bu çalışma ile üniversitelerde çalışan akademik ve idari personellerin bilgisayar okuryazarlığı yeterlik düzeyi incelenmektedir. Çalışmanın verileri, üniversitede çalışan akademik ve idari personellere uygulanan online anket ile elde edilmiştir. Ölçek verilerinin güvenirliğini test etmek amacıyla yapılan Cronbach Alpha iç tutarlık sayısı 0,935 olarak ölçülmüş ve anket faktörlerinin birikimli varyans açıklama yüzdesinin de %63,135 olduğu görülmüştür. Elde edilen veriler, SPSS V23 paket programı ve Office Excel yazılımı kullanılarak analiz edilmiştir. Katılımcıların bilgisayar okuryazarlıklarına yönelik elde edilen bulgulara bakıldığında, tüm katılımcıların %62’lik kısmının bu alanda yeterli bilgi ve beceriye sahip oldukları, %38’lik kesimin ise (%21 orta düzey, %13 yetersiz düzey) bu alanda yeterli düzeyde bilgi ve beceriye sahip olmadıkları görülmüştür. Araştırma neticesinde elde edilen sonuçlara bakıldığında katılımcıların büyük bir oranının bilgisayar okuryazarlığı konusunda yeterli olduğu görülürken, katılımcıların bilgisayar bakım-onarım becerilerinin diğer becerilere göre daha düşük olduğu ve bilgisayar kullanım becerilerinin de en başarılı oldukları beceri olarak görülmüştür.Article Pediatric Vitamin D Status: Age, Gender, and Seasonal Determinants in a Comprehensive Retrospective Cohort(2025) Yıldız, Songül Çetik; Dündar, Ahmet; Irmak, HalitObjective: Vitamin D plays a critical role in bone health, immune function, and overall growth and development in children. So, the study aimed to determine serum vitamin D levels in a large sample, examine their relationship to age groups, gender, seasonal and monthly, and identify risk groups by demonstrating the prevalence of vitamin D deficiency in the pediatric age group. Methods: A retrospective study was conducted using serum vitamin D level data from pediatric patients presenting to the Pediatrics Outpatient Clinic. Children were divided into four age groups based on developmental stages: 1-4, 5-8, 9-12, and 13-17 years. Vitamin D levels were categorized as severe deficiency, deficiency, insufficiency, and normal. The data were analyzed for age, gender, seasonality, and monthly distribution, and the relationships between these variables were evaluated using comprehensive statistical methods. Results: Only 6.5% of the average vitamin D levels were found to be normal. Deficiency, insufficiency, or severe deficiency was detected in 93.5%. A weak but significant negative correlation was observed between age and vitamin D levels. While levels were similar between genders, severe deficiency was higher in females. The highest values were observed in summer and the lowest in winter, with July-September being the peak and January-February the trough. Conclusion: Our study revealed that vitamin D deficiency is common in children and a critical public health problem. Decreasing levels with age, seasonal cycles, and gender differences indicate that the risk becomes more pronounced. These findings highlight the need for supplementation plans and awareness-raising strategies, particularly during winter and spring.Article Citation - WoS: 12Citation - Scopus: 12In Vitro Antitumor and Antioxidant Capacity as Well as Ameliorative Effects of Fermented Kefir on Cyclophosphamide-Induced Toxicity on Cardiac and Hepatic Tissues in Rats(Mdpi, 2024-05-28) Yildiz, Songul Cetik; Demir, Cemil; Cengiz, Mustafa; Irmak, Halit; Cengiz, Betul Peker; Ayhanci, Adnan; Cetik Yildiz, SongulFermented prebiotic and probiotic products with kefir are very important to slow down and prevent the growth of tumors and to treat cancer by stimulating the immune response against tumor cells. Cyclophosphamide (CPx) is widely preferred in cancer treatment but its effectiveness in high doses is restricted because of its side effects. The aim of this study was to investigate the protective effects of kefir against CPx-induced heart and liver toxicity. In an experiment, 42 Wistar albino rats were divided into six treatment groups: the control (Group 1), the group receiving 150 mg/kg CPx (Group 2), the groups receiving 5 and 10 mg/kg kefir (Groups 3 and 4) and the groups receiving 5 and 10 mg/kg kefir + CPx (Group 5 and 6). Fermented kefirs obtained on different days by traditional methods were mixed and given by gavage for 12 days, while a single dose of CPx was administered intraperitoneally (i.p.) on the 12th day of the experiment. It was observed that alanine transaminase (ALT), aspartate transaminase (AST), alkaline phosphatase (ALP), lactate dehydrogenase (LDH), creatinine kinase-MB (CK-MB), ischemia modified albumin (IMA) and Troponin I values, which indicate oxidative stress, increased in the CPx-administered group, and this level approached that of the control in the CPx + kefir groups. Likewise, as a result of the kefir, the rats' CPx-induced histopathological symptoms were reduced, and their heart and liver tissue were significantly improved. In conclusion, it was observed that kefir had a cytoprotective effect against CPx-induced oxidative stress, hepatotoxicity and cardiotoxicity, bringing their biochemical parameters closer to those of the control by suppressing oxidative stress and reducing tissue damage.Conference Object Kurumsal Bilgi Güvenliği, Tehditler Ve Alınması Gereken Önlemler Üzerine Bir İnceleme(Farabi Yayınevi, 2019) Irmak, Halit; Baz, Fatih ÇağatayGeçmişten günümüze bilgi sürekli bir gelişim ve değişim içinde olmuş, içinde bulunduğu toplumlarında bu gelişim ve değişimden etkilenerek şekillenmesine yardımcı olmuştur. Günümüzde hem kamu kurumları hem de özel sektördeki kurumlar sahip oldukları bilgileri kullanarak ve bu bilgileri doğru yöneterek kalkınmaya ve rakiplerine karşı rekabet üstünlüğü kurmaya çalışmaktadırlar. Ancak burada en önemli noktalardan birisi de bu kurumların sahip oldukları bilgileri koruyabilmeleridir. Dijital ortamlarda, yazılı materyallerde veya çalışanların beyinlerinde tutulan ve kurumlar için değerli olan bilgi aynı zamanda bulunduğu kurum için bir güç ve ekonomik değer ifade etmektedir. Bu bilginin güvenliğinin sağlanması içinde her türlü tedbirin yine kurumlar tarafından alınması gerekmektedir. Kurumsal bilgi güvenliğinin sağlanmasına yönelik kurumların hem teknolojik alt yapılarını güçlendirmeleri hem de çalışanlarına yönelik bilgi güvenliği farkındalıklarını oluşturacak ve bu farkındalıklarını artıracak eğitimlerin verilmesi gerekmektedir. Teknolojinin de hızlı gelişmesiyle beraber bilgi güvenliğine yönelik saldırılar artarak devam etmekte ve çeşitlenmektedir. Dünyanın birçok yerinde kurumlar çeşitli siber güvenlik ataklarına maruz kalmakta veya bu tehditlerle karşı karşıya kalmaktadırlar. Bilgi güvenliğine yönelik yaşanan çoğu siber güvenlik olayına bakıldığında: Kurum içi kritik verilere erişme, kurum çalışanlarına veya müşterilerine ait kişisel verileri ele geçirme veya çeşitli fidye yazılımları kullanılarak kurumsal bilgi güvenliğine yönelik ihlal olaylarının yaşandığı görülmektedir. Bu ve benzeri tehditlere karşı kurumların en başta gerekli yasal sorumluluklarını yerine getirerek önlem almaya çalışmaları, bilgi güvenliği yönetim sistemleriyle ilgili çalışma yapmaları ve siber güvenlik testlerini yaparak herhangi bir saldırı veya bilgi güvenliği ihlali öncesi kendi açıklarını tespit ederek gerekli önlemleri almaları gerekmektedir. Bu çalışmada, kurumsal bilgi güvenliğinin ne olduğu ve öneminin açıklanması, bilgi güvenliğiyle ilgili tehditlerden bahsedilerek alınması gereken bazı önlemlerle ilgili bilgilendirme yapılması amaçlanmıştır. Bu amaçla, konuyla ilgili araştırmalar yapılmış ve alanyazın incelenmiştir. Çalışmanın, bilgi güvenliğine yönelik farkındalığı artıracağı ve bu konuda alınması gereken önlemlerle ilgi bireylere ve kurumlara katkı sunacağı ayrıca bilgi güvenliğiyle ilgili ileride yapılacak bilimsel çalışmalara ışık tutacağı düşünülmektedir.
Research Topics
Domains
Health SciencesSocial Sciences
Fields
MedicinePsychology
Subfields
Pathology and Forensic MedicinePediatrics, Perinatology and Child HealthPhysiologyExperimental and Cognitive Psychology
Specific Research Areas
Chemotherapy-induced organ toxicity mitigation
Childhood Cancer Survivors' Quality of Life
Obstructive Sleep Apnea Research
Vitamin D Research Studies
Sleep and related disorders
Sustainable Development Goals
3GOOD HEALTH AND WELL-BEING
2
Research Products
14LIFE BELOW WATER
1
Research Products
This researcher does not have a Scopus ID.
This researcher does not have a WoS ID.
Publication Collaboration
| Affiliation Name | Count |
|---|---|
| Mardin Artuklu University | 8 |
| Siirt Üniversitesi | 3 |
| Eskişehir Osmangazi University | 3 |
| Eskişehir City Hospital | 2 |
| Yunus Emre Hastanesi | 1 |
1 / 2
Data obtained from OpenAlex
| Journal | Count |
|---|---|
| 2. Uluslararası Mardin Artuklu Bilimsel Araştırmalar Kongresi | 2 |
| Zenodo (CERN European Organization for Nuclear Research) | 2 |
| Afyon Kocatepe Üniversitesi Fen ve Mühendislik Bilimleri Dergisi | 1 |
| Annals of Thoracic Medicine | 1 |
| Biomedicines | 1 |
Current Page: 1 / 3
Scholarly Output
13
Articles
6
Views / Downloads
57/168
Supervised MSc Theses
0
Supervised PhD Theses
0
WoS Citation Count
23
Scopus Citation Count
26
Patents
0
Projects
0
WoS Citations per Publication
1.77
Scopus Citations per Publication
2.00
Open Access Source
13
Supervised Theses
0
Scopus Quartile Distribution
Competency Cloud
