ITS and LSU-rDNA nucleotide sequences based confirmation of Cytospora chrysosperma and Chondrostereum purpureum from symptomatic cankered tissues of Populus nigra trees in Turkey

Abstract

Malatya ili Doğanşehir ilçesinde 2016 yılında yapılan arazi çalışmaları sırasında gövde, dal kanseri ve kuruma belirtileri gösteren kavak (Populus nigra) ağaçlarından alınan örneklerden yapılan laboratuar çalışmaları sonucunda piknidyum içeren kabukların altından ve odun dokularından sırasıyla Cytospora chrysosperma ve Chondrostereum purpureum izole edilmiştir. İlkbaharda, kavak ağaçlarının sürgünlerine, tamamen gelişmiş olan dördüncü yapraklarının koparılması sonucu ortaya çıkan yaralar üzerine, C. chrysosperma ve C. purpureum izolatları tarafından kolonize edilmiş agar disklerinin yerleştirilmesiyle inokulasyon yapılmıştır. İnokülasyondan üç ay sonra C. chrysosperma ve C. purpureum ile inokulasyon bölgesinde sırasıyla 6,4 ve 3,3 cm uzunluğunda kanserler oluşmuş ve sürgünler büzüşmüştür. Benzer bir şekilde, serada gerçekleştirilen patojenite testlerinde, kabuk dokusunda oluşturulan yaraların bu izolatlar ile inokülasyonundan yaklaşık 14 gün sonra kanser oluşumu gerçekleşmiştir. Hastalanan bitkilerin dokularından yapılan izolasyonlarda C. chrysosperma ve C. purpureum’un tekrar izole edilmesi ile hastalık etmenlerinin bu funguslar olduğu doğrulanmıştır. Steril ortam diskleri ile inokule edilen kontrol sürgünlerdeki yaralarda kanser oluşmamıştır. Her fungal türün temsili izolatından tüm DNA’nın izolasyonu yapılmıştır. İzole edilen toplam DNA’lar, rDNA'nın internal transcribed spacer (ITS) ve large subunit (LSU) gen bölgeleri için sırasıyla ITS6/ITS4 ve NL1/NL4 primer çiftleri kullanılarak amplifiye edilmiş ve dizilenmiştir. BLAST analizleri sonucunda, daha önce Gen Bankası’nda kaydedilen birçok C. chrysosperma ve C. purpureum ITS ve LSU nükleotid dizisi ile %99 benzerlik göstermiştir. Bu diziler Gen Bankasına kaydedilmiştir. C. chrysosperma ve C. purpureum’nın ITS-rDNA için NCBI’dan verilen erişim numaraları sırasıyla MF536529 ve MF536531; LSU-rDNA için veriler erişim numaraları ise sırasıyla MF536530 ve MF536532’dir. Bu fungus etmenlerinin Türkiye'deki varlığı daha önce bildirilmekle birlikte bu çalışma, C. chrysosperma ve C. purpureum'un ITS ve LSU-rDNA nükleotid dizilerine dayanarak moleküler karakterizasyonlarının ilk raporudur.