Browsing by Author "Bayhan, Bora"

Now showing 1 - 2 of 2

Citation - WoS: 4
Citation - Scopus: 5
Exploring genetic diversity and Population structure of five Aegilops species with inter-primer binding site (iPBS) markers
(SpringerLink, 2022) Kızılgeçi, Ferhat; Bayhan, Bora; Türkoğlu, Aras; Haliloğlu, Kamil; Yıldırım, Mehmet; Department of Seed Production / Tohumculuk Teknolojisi Bölümü
Background: Turkey is not only a center of origin for wheat, but also contains wild forms of various cereals. Turkey, located in the Fertile Crescent, has conserved its genetic richness to the present day. The aim of the study was to investigate the genetic diversity of 70 wild wheat species, to evaluate the structure of diversity in germplasm and to generate useful data for further breeding programs. Methods and results: Genetic diversity and population structure of 70 wild wheat species (Ae. cylindrica, Ae. geniculata, Ae. triuncialis, T. dicocoides, Ae. columnaris) collected from Eastern and Southeastern Anatolia regions of Turkey were investigated in this study with the use of inter-primer binding site (iPBS) markers. Of 35 iPBS primers used, 11 yielded a total of 61 alleles. Number of alleles per marker varied between 2 (iPBS-2085) and 9 (iPBS-2394) with an average value of 5.55. Polymorphic information content (PIC) values varied between 0.22 and 0.47, with an average value of 0.35. Average number of effective alleles (Ne) was identified as 1.9488, Nei's genetic diversity (H) as 0,4861 and Shannon's information index (I) as 0.6791. Cluster analysis through unweighted pair-group mean average (UPGMA) method revealed that 70 wild wheats were divided into three main clusters. Genetic similarity between the genotypes, calculated with the use of NTSYS-pc software, varied between 19% (YB2 and YB70) and 98% (YB66 and YB67). Principal coordinate analysis (PCoA) revealed that three principal coordinates explained 62.33% of total variation. Moreover, population structure analysis showed that all genotypes formed three sub-populations. Expected heterozygosity values varied between 0.2666 (the first sub-population) and 0.2330 (third sub-population), with an average value of 0.2500. Average population differentiation measurement (Fst) was identified as 0.3716 for the first sub-population, 0.3930 for the second subpopulation and 0.4804 for the third sub-population. Conclusions: Based on present findings population structure of 70 wild wheat genotypes collected from Eastern and Southeastern Anatolia regions of Turkey were successfully characterized with the use of iPBS markers. Present findings suggested that iPBS-retrotransposon markers could reliably be used to elucidate genetic diversity of Aegilops genotypes.
Yabani buğday türlerinin iPBS-retrotranspozon DNA markörleri ile moleküler karakterizasyonu
(Mardin Artuklu Üniversitesi, 2020) Kızılgeçi, Ferhat; Kızılgeçi, Ferhat; Department of Seed Production / Tohumculuk Teknolojisi Bölümü
Türkiye buğday çeşitliliğinin ana merkezi olmak ile beraber çeşitli tahılların yabani formlarını yoğun olarak içinde barındırmaktadır. Verimli hilâl içinde yer alan Türkiye, genetik zenginliğini günümüze taşımış ve keşfedilmek için çalışmaları beklemektedir. Bununla birlikte ilk kültüre alınmış olan buğday formlarının Türkiye'nin Güneydoğusundan köklendiği bilinmektedir. Bu çalışmada, 2018 yılında Türkiye'nin Doğu ve Güneydoğu Anadolu bölgelerinde (Şırnak, Hakkâri, Van, Bitlis) toplanmış olan yabani buğday türleri (Ae. cylindrica, Ae. geniculata, Ae. triuncialis, T. dicocoides, Ae. columnaris) iPBSRetrotranspozon marker tekniği kullanılarak genotiplerinin genetik çeşitliliği ve populasyon yapısı tespit edilmiştir. iPBS-Retrotranspozon marker tekniğinde 11 adet iPBS markeri toplam 61 allel üretmiş, marker başına allel sayısı 2 (2085) ile 9 (2394) arasında değişmiş ve ortalama allel sayısı 5.55 olarak bulunmuştur. iPBS için beklenen heterozigotluk 0.2330 ile 0.2666 arasında değişkenlik göstermiştir. Nei gen çeşitliliği ortalaması 0.4861 olmuştur. Polimorfik bilgi içeriği (PIC) 0.22-0.47 arasında değişkenlik gösterirken ortalama 0.35 olarak bulunmuştur. Genotipler arasındaki genetik benzerlik, NTSYS-pc yazılımı kullanılarak hesaplanmış ve % 19 ile % 98 arasında değişim gösterdiği gözlemlenmiştir. En yüksek genetik benzerliğin YB66 (Ae. triuncialis) ile YB67 (Ae. triuncialis) (% 98) arasında ve en düşük genetik benzerlik ise YB70 (Ae. triuncialis) ile YB2 (Ae. cylindrica) (% 19) arasında görülmüştür. Nei'nin genetik mesafesi kullanılarak yapılan kümeleme analizinde 70 yabani buğday genotipi 3 gruba ayrılmıştır. Bu 3 grubun içerisindeki türler arasında genetik farklılıklar ve benzerlikler olduğu anlaşılmıştır. Elde edilen bilgiler ışığında genetik çeşitlilik ve benzerliklerin saptanması aşamasında iPBS-Retrotranspozon markırlarının potansiyeli ortaya konulmuştur. iPBS-Retrotranspozon markırlarının evrensel doğasından dolayı çeşitli bitkiler üzerinde yapılacak olan filogenetik ilişkilerin araştırılması üzerine etkili bir biçimde kullanılabileceği saptanmıştır.